鸵鸟的疾病主要发生在育雏期，其它时期的疾病主要是异物伤害腺胃和肌胃引起的消化道疾病。 
　1、细菌性疾病。如大肠杆菌病、巴氏杆菌病、沙门氏菌病、链球菌及霉形体病等。 
　2、病毒性疾病。雏鸟期发生，如鸡新城疫、禽流感病毒等；有原虫病，如组织滴虫病、球虫病等，但主要致雏鸟死亡的疾病是呼吸道感染。往往由于空气污浊、垫料潮湿、尘埃飞扬，加上室温高低不稳，而诱发呼吸道感染，出现曲霉菌病等引起的呼吸道症状，应及时发现，及时使用抗生素治疗，是能收到良好效果的。 
　3、育成期常发的疾病。有前胃积沙和软脚病，前胃积沙主要症状是减食、消瘦、最后废食，２－３天即死亡。剖检见前胃积满沙粒。本病防治措施是：避免鸵鸟与沙粒直接接触，同时提高饲料质量，添加硒等多种微量元素和多种维生素；每隔几天于精料中添加一些轻泻药，促使排出沙粒；重症者可实行手术治疗。软脚病系生长过快，使腿骨骨质钙化速度赶不上增重速度而引起的。应充分供给钙磷和维生素Ｄ3。来进行治疗。运动场太小，使之有利增重，不利骨骼生长也不无关系。 
　4、成鸵期疾病。成鸟疾病较少，但也有新城疫、禽白痢杆菌病及禽败血霉形体病的发生等报道，应严加防患。